A Plenária Nacional é a instância máxima de deliberação do FBES, dando as diretrizes políticas para orientar a Coordenação Nacional e a Coordenação Executiva.
A Coordenação Nacional (re)orienta as ações da Coordenação Executiva, deliberando em última instância sobre decisões políticas, operacionais e administrativas do FBES. É composta pelas entidades nacionais (no limite de até 12 representantes, a partir da comprovação de atuar em, no mínimo, 7 fóruns estaduais), pela representação dos fóruns estaduais (3 por estado: 2 EES e 1 entidade de apoio local) e da indicação da rede de gestores (2 por região e 2 nacionais)
Para o trabalho de interlocução com movimentos sociais e instituições privadas e públicas além de gestão política do cotidiano, existe a Coordenação Executiva Nacional, composta por 13 representantes: 7 representantes de empreendimentos das regiões do país (2 do Norte, 2 do Nordeste, 1 do Sul, 1 do Sudeste e 1 do Centro-oeste); 5 representantes das Entidades e Redes nacionais e 1 representante da Rede de Gestores de Políticas Públicas de Economia Solidária. Além disso, a Coordenação Executiva tem a função de acompanhar os trabalhos da Secretaria Executiva Nacional, sediada em Brasília.
A partir de agosto de 2011, na estrutura atual das instâncias nacionais do FBES, as entidades nacionais são as seguintes: União Nacional das Cooperativas da Agricultura Familiar e Economia Solidária (Unicafes), Cáritas Brasileira, Instituto Marista de Solidariedade (IMS), Rede Universitária de Incubadoras Tecnológicas de Cooperativas Populares (Rede ITCPs) e Rede Unitrabalho.